Vụ nổ còn giết cả san hô trong khu vực, tiêu diệt chính cấu trúc của rạn, phá hủy nơi cư trú cho cá và các động vật quan trọng khác có tầm quan trọng đối với việc bảo tồn một rạn san hô mạnh khỏe. Những vùng từng phủ đầy san hô trở thành hoang mạc đầy vụn san hô, cá chết, và không còn gì khác sau cuộc đánh cá bằng thuốc nổ. Kiểu đánh cá này đã làm cho nhiều loài cá bắt đầu quá trình tuyệt chủng.

Việc đánh bắt thủy sản bằng thuốc nổ không chỉ ảnh hưởng nghiêm trọng đến nguồn lợi thủy sản, môi trường sinh thái, mà còn trực tiếp đe dọa đến tính mạng người sử dụng chất nổ. Vụ nổ dưới nước cũng có thể dẫn đến chết cá hàng loạt, đặc biệt trong trường hợp đánh cá bằng chất nổ. Tuy nhiên, những vụ nổ như vậy sẽ không gây ra tình trạng cá chết hàng loạt ở những khu vực quá lớn vì sức nổ nhìn chung có hạn.

Vùng biển miền Trung có nguồn lợi thủy sản phong phú nhất nước. Tuy nhiên, nguồn tài nguyên vô giá của biển đang bị tàn phá do tình trạng dùng thuốc nổ đánh bắt hải sản. Ngư dân ở huyện đảo Lý Sơn, tỉnh Quảng Ngãi nổi tiếng với việc sử dụng thuốc nổ tàn phá biển. Việc đánh bắt thủy hải sản bằng thuốc nổ chỉ thực hiện được ở khơi xa vì vừa khó bị phát hiện. Tuy nhiên, gần đây không ít người đã gan lỳ, bất chấp đánh thuốc nổ gần khu vực bờ.